Un nouveau Parseur: NCBI (Pubmed)

 

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PubMed est le principal moteur de recherche de données bibliographiques de l’ensemble des domaines de spécialisation de la biologie et de la médecine. Il a été développé par le Centre américain pour les informations biotechnologiques (NCBI), et il est hébergé par la Bibliothèque américaine de médecine des Instituts américains de la santé. PubMed est un moteur de recherche gratuit donnant accès  la base de données bibliographique MEDLINE, rassemblant des citations et des résumés d’articles de recherche biomédicale.

La plupart des citations contiennent un lien vers l’article entier quand celui-ci est disponible gratuitement (par exemple dans PubMed Central).

LES ANALYSES

Nous avons analysé les consultations suivantes pour déterminer les RTYPEs  pour développer le parseur dans ezPAARSE :

Résumé d’un article (ABS) dans pubmed

ncbi abs

L’Url concernée est https://www.ncbi.nlm.nih.gov:443/pubmed/23203092

ARTICLE AU FORMAT HTML (dans pubmed central)

ncbi article html

L’Url concernée est https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4187072/

ARTICLE AU FORMAT PDF (DANS PUBMED CENTRAL)

L’Url concernée est https://www.ncbi.nlm.nih.gov:443/pmc/articles/PMC4026755/pdf/fimmu-05-00197.pdf

CHAPITRE D’UN BOOK AU FORMAT HTML (BOOK_SECTION) DANS LA BASE « BOOK »

ncbi booksection

L’Url concernée est https://www.ncbi.nlm.nih.gov:443/books/NBK278946/

 

LE PARSEUR ET LES TESTS

Le parseur réalisé par Yannick (notre développeur à ezTEAM) contient des identifiants internes à la plateforme spécifiques au type de consultation :

  • identifiant  : 23203092 (consultation d’un résumé d’article dans la base PubMed)
  • identifiant  : PMC4187072  (consultation d’un article dans la base PubMed Central)
  • identifiant :   NBK278946     (consultation d’un chapitre de book dans la base Book)

Nous avons également noté la possibilité d’accéder à une API qui permet de convertir un lots d’identifiants internes en DOI. Cette possibilité d’enrichissement sera étudiée prochainement. Cela permettrait la qualifications des consultations (publisher_name, ISSN, publication_date,…). Nous ne manquerons pas de vous informer de cette évolution si elle est réalisable.

Les tests faits sur un échantillon de logs du Portail BibCNRS montrent que la plateforme NCBI est maintenant bien reconnue dans ezPAARSE.

ncbi tests

Nous vous invitons à tester également vos logs sur votre instance sans oublier de mettre à jour l’onglet « plateformes » avant le traitement.  Vous avez aussi la possibilité de tester vos consultations en direct sur votre navigateur avec ezLOGGER.

N’hésitez pas à nous faire des commentaires.

Bonne journée à toutes et à tous.

 

Frédéric pour ezTEAM

 

 

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